ToD dugga

Varför binder GC starkare än AT? GC har 3 vätebindningar, AT har 2

Vad är kromatin? DNA + histoner + associerade proteiner

Var är en nukleosom? histon + inlindat DNA + linker DNA

Histonen har en form av en? oktamer

Vilken histon binder till linker DNA och drar ihop DNA:t ytterligare? H1

Vad kallas det när heterokromatinet är genfattigt? konstitutivt

Vad kallas det när heterokromatinet är geninnehållande? fakultativt

Hur många gener har vi? 25000

Hur många procent av våra gener är proteinkodande? 1,5

Metylering i cytosin görs av dessa? DNA-metyl-transferaser (DNMT1, DNMT3A, DNMT3B)

Acetylering i histoner görs med hjälp av dessa? Histon acetyl transferaser (HATs)

Deacetylering i histoner görs med dessa? Histon deacetylaser (HDACs)

Metylering i histoner görs med dessa? Histonmetyltransferaser (HMTs)

Vad heter bindningarna mellan fosfat och deoxyribos? fosfodiesterbindningar

Vad kallas de två klyftorna på DNA-helixen? Major och minor groove

Varför är DNA stabilare än RNA? RNA har en OH-grupp som gör den reaktiv

Vad tvinnar upp helixen vid replikation? topoisomeras 1

Vad heter enzymet som driver DNA-replikationen framåt? helikas

Vilken sträng byggs på bit för bit och vad heter "bitarna"? lagging strand, okazakifragment

Vilket enzym sätter på primrarna vid replikation? primas

Med hjälp av vad sammanfogas okazakifragmenten? ligas

Vilket polymeras arbetar under replikationen? DNA-polymeras

Vad kallas den korrektionsmekanism som DNA-polymeraset utför? Proof reading

Vad kallas korrektionsmekanismen som sker post-transkriptionellt? mismatch repair

Vilka två enzymer förebygger trassel på DNA-strängen Topoisomeras 1 och Topoisomeras 2

Vilken är den vanligaste typen av skada i DNA:t? Depurinering

Vad kallas det när C omvandlas till U? deaminering

Vilken mekanism tar bort U (dvs. deaminerat C), därefter sockerfosfatet och fyller i med rätt nukleotid? Base excision repair

Vilken reparationsmekanism används vid "böjt" DNA t.ex. vid pyrimidindimerer? Nucleotide excision repair

Vad leder UV-ljus till? pyrimidindimerer

Vad syntetiserar RNA-polymeras 1? rRNA

Vad syntetiserar RNA-polymeras 2? mRNA, miRNA, snRNA

Vad syntetiserar RNA-polymeras 3? tRNA

Vad kallas den sträng som polymeraset läser av? templat eller anti-sense

Vad kallas den sträng som polymeraset inte läser av? non-template eller sense

Vad består 5' capen av? 7-metylguanosin

Vilka 5 snRNA finns det? U1, U2, U4, U5, U6

Varje snRNA binder till proteiner för att bilda vad? snRNP

Vad består en spliceosom av? snRNPs + ytterligare proteiner

Vilket är startkodonet och vad heter aminosyran som sekvensen kodar för? AUG, metionin

Vilka är stopp-kodonen? (skriv de i alfabetisk ordning) UAA, UAG, UGA

Vad är en insulator? En DNA-sekvens som blockerar effekten av omgivande positiva eller negativa element

Vad finns det för två slags olika variationer av mutationer? somatiska och nedärvda

Vad är genotyp? arvsmassa

Vad är fenotyp? det vi kan mäta i en människas utseende, sjukdom, uttryck av ett visst protein

Vilka tre olika slags mutationer finns inom exoner? silent, missense, nonsense

Hur många nymutationer bär vi på som ingen av våra föräldrar har? 50-100

Vad varierar mycket mellan människor och används för identitetstester? mikrosatelliter

Vilka är de obalanserade, genetiska variationerna? deletion, duplikation, insertion

Vilka är de balanserade, genetiska variationerna? inversion, translokation

Vad är syftet med homolog rekombination? reparation av DNA och utbyte av genetisk information

Mitokondriegenomet nedärvs bara från? mamman

Mitokondriegenomet har inga? histoner

Det finns flera av dessa celler än människoceller? mikrobceller

Vad heter kromosomernas armar? bokstav räcker p och q

Vilken sekvens repeteras i telomeren? TTAGGG

Vad heter enzymet som bara finns i könscellerna och har att göra med kromosomens ändar? telomeras

Vad är en pseudogen? Funktionslösa "släktingar" till gener, de har förlorat sitt genuttryck i cellen

Vad kallas enhancers och aktivatorprotein med ett gemensamt namn? enhanceosom

Vad är transposabla element och vad brukar de kallas? sekvenser som kan dupliceras och flytta sig i genomet, junk DNA

Mekanismer för genomevolution? mutationer, genduplikation, rekombinering, horisontell genöverföring, helgenoms-duplikation, transposition av DNA

Gener med samma funktion i två olika arter med gemensam förfader? ortologer

Gener med olika funktion i samma genom som uppstått genom duplikation och mutation? paraloger

Ett samlingsnamn för ortologer och paraloger? homologer

Vilka är de tre ödena för duplicerade gener? inaktivering, subfunktionalisering, neofunktionalisering

Vilken affinitetsreagens används för att detektera nukleinsyror? komplementära DNA-strängar som besparar, proberna är inmärkta

Vad finns det för affinitetsreagenser för att detektera protein? antikroppar eller in vitro tekniker

Hur kan man detektera protein in vitro? masspektrometri

Vad tar man reda på med hjälp av Southern blot? DNA

Vad står PCr för? Polymerase chain reaction

Vilka tre steg består amplifieringen av i PCr? denaturering, annealing, elongering

Vilka temperaturer (ungefär) nyttjar PCr? 95, 58, 72

Vad är det som är inmärkt med fluorofor i Sangersekvenseringen? dideoxyribonukleotider

Vad kan man detektera med Western blot? protein

Hur går Western blot till? lysering, centrifugering, SDS-page, elektriskt membran, antikroppar

All proteinsyntes börjar? i cytosolen

Vad för proteinerna till olika ställen i cellen? signalsekvenser

Proteiner utan signalsekvenser (sorteringssignal) stannar var? i cytosolen

Vilka är de tre mekanismerna för transport av protein från ett kompartment till ett annant? Gated transport, transmembrantransport, vesikeltransport

Gated transport sker mellan? kärnan och cytosolen

Vid gated transport så är dessa topologiskt ekvivalenta? cytosolen och kärnan

Måste kompartmentsen vara topologiskt ekvivalenta vid transmembrantransport? nej

Vilka typer av sorteringssignaler finns det? N-terminala, C-terminala, interna, kombinerade

Proteinimport i mitokondriematrix har denna signal? amfipatisk alfahelix

Vad håller proteinet utvecklat i cytosolen när det är på väg in i ER? HSC70

Hur känns den amfipatiska alfahelixen igen vid mitokondrien? TOM 20/22

Genom vad transporteras proteinet in i mitokondriens yttre membran? TOM40

Hur transporteras proteinet in genom det inre mitokondriemembranet? TIM 23/17

Vad driver själva importen in i mitokondrien? väte/proton-gradienten

Vad håller proteinet rakt i mitokondrien så att signalsekvensen i N-terminalen kan klyvas bort med ett matrixproteas? matrix-HSC70

Vid proteinimporten till peroxisomer används denna signalsekvens? PTS1

Hur sker proteinimporten till peroxisomer? Pex 5 känner igen PTS1, Pex 5 och proteinet åker igenom Pex 14

Vilka chaperoner veckar co-translationellt? HSP70

Vilka chaperoner veckar post-transkriptionellt? HSP60

Vad för slags ubiquitinylering krävs för proteasnedbrytning? polyubiquintinylering på lysin 48

Vilket enzym ubiquintinylerar protein? Ubiquintin protein ligas (UPL)

Vilka tre delar består UPL av? E1, E2, E3

Vad gör de tre delarna av UPL? (i ordning från E1 till E3) aktiverar, konjugerar, ligerar

Olika sätt att aktivera UPL? Fosforylering, allosterisk effektor, bindande av en subenhet

Olika sätt att ska/exponera en nedbrytningssignal (degron) i proteiner? fosforylering, dissociering av subenhet, framkallning av en instabil N-terminal

Vid värmechock, vad kallas transkriptionsfaktorn och vad kallas charperoner? HSF1 och HSP70

Ribosomen stannar i cytosolen om proteinet ska till? cytosolen, cellkärnan, peroxisomen, mitokondrien

Ribosomen går till ER om proteinet ska till? ER, golgi, plasmamembranet, extracellulärt

Vad känner igen signalsekvensen på proteinet om det ska till ER och var sitter signalsekvensen? Signal recognition particle (SRP), i N-terminalen

Positiva aminosyror bredvid stopp-transfer-sekvensen leder till? att den änden hamnar mot cytosolen

Negativa aminosyror bredvid stopp-transfer-sekvensen leder till? att den änden hamnar mot ER-lumen

90% av all glykosylering är vad då? N-glykosylering

N-glykosylering sker? co-translationellt i ER

Vad heter enzymet som för över sockerstrukturen till proteinet vid N-glykosylering? oligosackaryltransferas

Vad behövs på proteinet för att N-glykosylering ska ske? aspargin

Vad har N-glykosylering för huvudfunktion? veckningskontroll av protein

Det oveckade proteinsvaret har en viktig sensor och en viktig chaperon? IRE1 och BiP

Vilka är de tre generella stegen vid vesikeltransport? avknoppning, transport, fusion

Vilka tre olika höljeprotein finns? Klatrin, COP I, COP II

Vad behövs vid bildandet av klatrinvesiklar? adaptin, klatrin, dynamin

Vad "klär av" klatrinvesikeln? HSP70 chaperon ATPas

Vilka tre motorproteiner har vi pratat om? kinesin, dynein, myosin

Mot vad vandrar kinesin? +

Mot vad vandrar dynein? -

Myosin vandrar längs aktinfilament

Vad består fosfoinositider av? inositol, fosfat, glycerol, fettsyror

Vad står GEF för? Guanine exchange factor

Vad står GAP för? GTPas activating protein

Vilka två protein är speciellt viktiga vid endocytosen? SNARE-komplex och Rab

Vad kallas det när något tas upp på ena sidan av en cell och går ut på andra sidan? transcytos

När celler eller cellkomponenter bryts ned i lysosomen? autofagi

Vilket höljeprotein är inblandat när vesikeltransporten sker från golgi till ER? COP I

Vilket höljeprotein är inblandat när vesikeltransporten går från ER till golgi? COP II

Hur sker "påklädningen" av COP II? Sar1-GEF rekryterar Sar1-GTPaset, Sar1 rektryterar Sec 23/24, Sec 13/31 bildar ett yttre hölje

Återförvärvet av ER-protein sker med hjälp av? COP I och KDEL

Vad heter cisternerna i golgi? från C-->T cis golgi nätverket, cis, medial, trans, trans golgi nätverket

Var i golgi kommer vesiklarna in? cis golgi nätverket

Vilka tre vägar tar vesiklarna på väg ut från trans golgi nätverket? plasmamembranet, lysosom för degradering, sekretoriska vesiklar

Vad gör mannos-6-fosfatreceptorn? Den hjälper lysosomala enzymer från golgi till tidiga endosomer vidare till lysosomer

Vad för 2 slags sekretion finns det? konstitutiv och reglerad

Vilka är de två huvudklasserna av membrantransportproteiner? transportörer och kanaler

Vad är grunden för cellens vilopotential? Na/K-ATPaset och läckiga K-kanaler

Vad håller kalciumkoncentrationen låg i cytosolen? PMCA, SERCA, Na/Ca-exchangerna

Vilken ryanodinreceptor finns i ventrikelcellen respektive skelettmuskelcellen? 2, 1

Vad heter ER-proteinet samt kanalen som är speciellt viktiga i icke exciterbara celler? STIM1 och Orai1

Nämn tre sensorer (effektorer) till kalcium? calmodulin, synaptotagmin, troponin C

Nämn ett buffertprotein till kalcium? calbindin

Vilka strukturmotiv finns det på kalcium-sensorerna? EF-hand och C2-domän

Exocytos regleras av kalcium med hjälp av? synaptotagmin

Vilka tre extracellulära signalöverföringar finns det? autokrin, parakrin, endokrin

Vad krävs för dimerisering? att liggandes är en dimer med två bindningsställen (eller åtminstone presenteras som en)

Vad känner SH2 domänen igen? fosfotyrosin och C-terminala aminosyror

Vad känner SH3 domänen av? prolinrika områden

Vad känner PTB domänen av? fofotyrosin och N-terminala aminosyror

Vad känner PH domänen av? fosfatidylinositol

SIgnalmolekyler kan vara? enzymer och adaptorer

Vad är SHP1? ett fosfatas

Vad är SOCS? proteiner som blockar receptorn och rekryterar E3

Vad är Src? ett cytoplasmatiskt tyrosinkinas

Vilka monomera G-protein finns? (bokstavsordning!) ARF, Rab, Ras, Ran, Rho

Vad kapar Notch intracellulära del? gamma sekretas

Vad gör NCID? flyttar repressorproteiner, rekryterar mastermind + andra ko-aktivatorer

Vad kallas SMAD 2/3? receptor SMADs

Vad kallas SMAD 4? co-SMAD

Vad är ett protofilament? två dimerer av IF-komponenter

Vad är en protofibrill? två protofilament

Vad är ett intermediärfilament? 3 eller 4 protofibriller

Vilka är de två sorterna av aktin? G-aktin och F-aktin

När integrin klustras så bildas? stressfibrer

Vad byggs stressfibrer upp av? alfa-aktin, talin, vinkulin

Vad består mikrotubili av? alfa- och beta-tubili

Vad är MTOC? microtubili organizing centers

Vad fångar upp och för in komplex in i kärnan? FG-nukleoporiner

Med hjälp av vad transporteras protein in i kärnan? Ran och importin

Med hjälp av vad transporteras protein ut ur kärnan? Ran och exportin

Med hjälp av vad transporteras mRNA ut ur kärnan? mRNA exporter

Nämn tre DNA-bindande motiv leucine zipper, heliz-böj-helix, zink-finger

Hur kan kromatin remoduleras temporärt? remodulera, ta bort eller byta histoner

Hur kan kromatin redmoduleras permanent? genom att modifiera histoner

Vad leder metylering på H3K4, H3K9, H3K27 till? eu, hetero, hetero

Med hjälp av vad kan man metylera/acetylera på längre avstånd? reader-writer komplex

Vad binder till BRE? TFIIB

Vad binder till INR och DPE? TFIID

I vilken ordning binder de generella transkriptionsfaktorerna? D (TBP), A, B, P, F, E, H

TFIIH fungerar både som? helikas och kinas

Steroidreceptorn är ett bra exempel på? en receptor som kan agera transkriptionsfaktor

Vad aktiveras dimeren NF-kB av? Akt

Inflammation aktiverar vilket kinas? I-kB kinas

Vad händer med I-kB när IKK fosforylerar det? En ubiquintinyleringssignal bildas och den skickas till proteasomen

Vad heter två av de proteiner som är viktiga för polyadenyleringen? CPSF, CstF

Var binder CPSF? till poly-A-signalen

Var binder CstF? till GU-rika sekvensen

Vad klyver mRNAt vid poly-A-siten? endonukleas

Vad heter enzymet som adderar 200-250 A? poly-A-polymeras

Vilket protein binder till poly-A-siten och stabiliserar mRNA:t? PBP

En typisk splicing-aktivator? "good guy" ASF

En typisk splicingrepressor? "bad guy" hnRNP-A1

Hur lång halveringstid har mRNA? >30 minuter

Vad börjar mRNA-degradering oftast med? att poly-A-svansen förkortas

Vad är P bodies? ett specifikt område i cytoplasman där RNA bryts ned, innehåller enzymer

Hur kan mRNA räddas från P-bodies? det kan åka in i stressgranula och förvaras

Vad står RNAi för? RNA interference

Vilka RNAi finns i eukaryoter? miRNA, siRNA, piRNA

Vilka faser genomgår miRNA? miRNA gen, pri-miRNA, pre-miRNA, miRNA, moget miRNA

Vilka tre enzymer är viktiga i processningen av miRNA? drosha, dicer, argonaut

Vad kallas nukleotider som är komplementära till miRNA? antagomir

Vad består ett RISC-komplex av? argonaut och moget miRNA

Vad gör miRNA? fungerar som en translationell repressor

Vad står de tre siterna på 40S ribosomen för? aminoacyl, peptidyl, exit

tRNA fungerar som en ... mellan mRNA och ribosomen? adaptor

Vad katalyserar bindningen mellan aminosyran och tRNA? aminoacyl-tRNA transferas

Översiktligt, hur går det till när transaktionen sker? initiering, elongering, terminering

Vad heter de två komplexen vid translationsinitieringen? eIF4F komplexet, 43S preinitieringskomplexet

Vad kallas translation utan 5' cap? IRES

Vilka två typer av celldöd finns? apoptos och nekros

Vilken celldöd är självdestruktiv? apoptos

Vilka två signaleringsvägar finns vid apoptos? direkt "dödssignalering" och borttagning av "överlevnadssignal"

Vad händer när liganden binder till dödsreceptorn? FADD, prokaspas 8, kaspas 8, prokaspas 3, kaspas 3

Vad händer när membranpotentialen sjunker i mitokondrien? cytokrom c går ut

När cytokrom c gått ut ur cellen (på väg att orsaka apoptos), vad binder den då till? Apaf-1

7 stycken cytokrom-c-apaf-1-komplex bindar en? apoptosom

Vad rekryterar apoptosomen? prokaspas 9

vad rekryterar kaspas 9? prokaspas 3

Vad heter proteinet som kan binda in till apoptosomen och hindra inbindningen av prokaspas 9? IAP (inhibitor of apoptosis protein)

pro-apoptotiska proteiner som utför apoptos bak, bax

pro-apoptotiska proteiner som inducerar apoptos bad, bid, bim, nova, puma

anti-apoptotiska proteiner Bcl2, BclXL

DNA-skada aktiverar vilken transkriptionsfaktor? p53

Vad gör p53? puma, noxa ökar och Bcl2 minskar

Vilka är stresskinaserna? JNK, p38

Vad aktiverar FAK? PI3-K

c-Abl aktiverar? p73

Click

Type

Listen

Games

Drucken