replikation

hur skiljer sig replikationen mellan eukaryota och prokaryota celler? prokaryoter har en origin of replication, eukaryota har tusentals samtidigt

fas 1 av replikation initiering

replikation i E.coli .

1. identifiering initiatorproteiner DnaA känner igen och binder till specifika repeterande sekvens i oriC, vrider upp DNA

oriC replikationsstartpunkt för E.coli

2. smältning/öppning bindningen löser upp närliggande AT-rik område, en replikationsbubbla uppstår

3. laddning av helikas ringformade helikaset DnaB binds in med hjälp av laddningsfaktor DnaC, DnaB binds runt enkelsträngen och släpper DnaC

4. initiering av primers primaset DnaG binds på helikas och skapar RNA-primers på strängarna

5. etablering av replikationsgafflar DNA-polymeras III binder och startar syntes från RNA-primrarna åt båda hållen, 2 replikationsgafflar som utvidgas

fas 2, elongering. hur syntetiserar DNA-polymeras den nya strängen alltid 5´-3´, läser av mallsträngen 3´-5´ och binder på nukleotider

vad är förkortningen för nukelotiderna? dNTP: dATP, dCTP, dGTP, dTTP

hur drivs reaktionen? 3´ -OH på RNA mallen genomför nukleofil attack mot 5´ alfa-fosfatgruppen hos den inkommande dNTP

vad blir resultatet av denna reaktion? kovalent 3´-5´ fosforesterbindning, pyrofosfat spjälkas av

enzymkatalogen vid replikationsgaffeln .

1. DNA-helikas, rör sig framför gaffeln, uttnytjar hydrolys av ATP för att sära DNA till 2 enkelsträngar

2. DNA-topoisomeras, framför helikaset, skapar transienta brott i ryggrade, fria vridningsknutar som uppstår

3. singel strand DNA binding protein, SSB, binder till enkelsträngar, hindrar baserna från att kopplas igen innan terminering av replikation

4. primas, skapar kost RNA-primas som har de viktigastse 3´-OH för polymeraset ska börja

5. DNA-polymeras III, katalytiska enheten, skapar nya DNA kedja genom att koppla nukleotider till 3´-änden

6. sliding clamp, klämma som håller fast DNA-polymeras vid mallsträngen så den inte trillar av

7. climp loader, förbrukar ATP för att låsa och montera glidklämman runt DNA

8. DNA-polymeras I, tar bort RNA-primers på okazaki fragment och fyller luckorna

9. DNA-ligas, förbrukar ATP för att koppla samman fragment genom att kovalent sammanfoga socker-fosfatryggraden

hur sker syntesen på de antiparallella stängarna assymetrisk, eftersom en går i samma riktning som gaffeln öppnar sig och den andra i motsatt riktning

vilken går i samma riktning som gaffeln leading strand, endast en RNA primer

vilken går i motsatt riktning av gaffeln lagging strand, diskontinuerlig, korta DNA segment, okazaki fragment, varje bit behöver ny RNA primas

fas 3 terminering

hur terminerar prokaryoter replikationen? teminationsregionen Ter, Ter binds till Tus som fysiskt stoppar helikaset, 2 cirkulärar dotterkormosomer sitter ihop, topoisomeras bryter både reversibelt, separera de, reparerar i

eukaryota cellers terminerings problem när den yttersta RNA-primern på lagging strand tas bort finns ingen 3´-OH för DNA-polymeras att förlänga ifrån

vad blir konsekvensen av att den ej förlängs? lucka i änden, vid upprepad celldelningen kommer kromosomen att bli kortare och kortare

lösningen till detta problem? telomeras, egen inbyggd RNA-mall, sätter sig i luckan och skapar en mallad dna-syntes, polymeras och primas kompletterar mallens plats

hur minskar polymeraset felfrekvensen så mycket? korrekturläsning, proofreading

vad använder polymeras för mekanism? självkorriering, 2 säten, P-säte 5´-3´ för syntes, E-säte 3´-5´ för redigering med exonukleasaktivitet

vad händer vid fel? DNA-kedjans ände flyttas till E-säte där fel bas klyvs bort via 3-5 exonukleasfunktion, syntesen återupptas

vad händer när fel kommer undan från korrekturläsningen? reperationsvägar? mismatch repair MMR, proteinkomplexet MutS, MutL, mutH kopplar ihop felparningen till de närmaste metylerade stället, strängen som redan är metylerad identifieras som mall

vad händer efter att mallen och felet identifieras? MutH klyver den nya strängen, exonukleas bryter ner DNA segmentet med fel på, polymeras fyller i med korrekt sekvens, ligas limmar tbx

vilka kemiska skador kan ske för kvävebaser? depurering, en purin (A/G) saknas, socker utan kvävebas, deaminering, aminogrupp saknas C blir U, oxidativ skada

hur hanteras dessa skador base excision repair BER

1. BER förlopp DNA-glykosyals känner igen defekta basen och klyver glykosidbindningen till sockret, AP säte skapas

2. BER förlopp AP-endonukleas och fosfodiesteras klyver socker-fosfatryggrad

3. BER förlopp DNA polymeras I kopplar nukleotid, DNA ligas försluter ryggraden

vad gör skador av strålning? kovalent korslänkning mellan intilliggande tyaminbaser, pyrimidindimerer, skapar kink böjning

hur hanteras strålmingsskador? nucleotide excision repair NER, ABC-exinukleas hittar och binder skadad region, gör dubbla snitt och klyver ut skadad område med marginal, DNA polymeras rättar till och ligas samma

vilka typer av mutationer finns? .

1. mutation tyst mutation, basbytet förändrar kodonet, men kodar ändå för samma aminosyra, peptidsekvens ändras ej

2. mutation missense mutation, basbytet orsakar annan aminosyra sekvens

3. mutation nonsense mutation, basbytet ger tidigt stopp kodon, ex. AAG till UAG, trunkerar proteinet

4. mutation framshift, insertion eller deletion av nukleotider i ett antal som ej är delbart på 3, fel läsram, fel sekvens

5. mutation suppressormutation, canclar ut en annan mutation i tidigare steg, helt eller delvis

8 oxoguanin dna skada orsakad av reaktiva syreradikaler

Click

Type

Listen

Games

Print